2018年度より本学会に、「若手研究者による優れた研究業績を表彰することにより、本学会における研究の発展をはかること」を目的として、「日本基督教学会賞」が設けられました。

第1回学会賞（2018年度）小柳敦史『トレルチにおける歴史と共同体』（知泉書館）
第2回学会賞（2019年度）佐藤啓介『死者と苦しみの宗教哲学―宗教哲学の現代的可能性』（晃洋書房）
第3回学会賞（2020年度）加藤哲平『ヒエロニュムスの聖書翻訳』（教文館）
第4回学会賞（2021年度）田島卓『エレミヤ書における罪責・復讐・赦免』（日本キリスト教団出版局）
第5回学会賞（2022年度）　該当者なし

第6回学会賞（2023年度）松谷曄介『日本の中国占領統治と宗教政策 : 日中キリスト者の協力と抵抗』（明石書店）

第7回学会賞（2024年度）工藤万里江『クィア神学の挑戦ークィア、フェミニズム、キリスト教』（新教出版社）