日本基督教学会では、毎年秋に学術大会（公開講演会、シンポジウム、個人の研究発表）を開催しています。

第65回学術大会は、2017年9月29日（金）から30日（土）の日程で、ルーテル学院大学で開催いたしました。

第66回学術大会は、2018年9月11日（火）～12日（水）の日程で、南山大学で開催いたしました。

第67回学術大会は、2019年9月9日（月）～10日（火）の日程で、青山学院大学で開催いたしました。
第68回学術大会は、東北学院大学で開催予定でしたが、新型コロナウィルスにおける影響により、中止となりました。
第69回学術大会は、2021年9月7日（火）～8日（水）の日程で、オンラインで開催いたしました。

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本学会には、北海道、東北、関東、近畿、九州の地域支部が存在し、それぞれ春の支部学術大会を中心に活動を行っています。
各支部活動の詳細については、各支部事務局へお問い合わせ下さい。